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“我做了一个艰难的决定，虽然不完美但是正确。”马云这样谈论支付宝事件。作为阿里巴巴旗下极有价值的金融资产，网络支付渠道支付宝占据中国网络支付一半的市场份额。马云为了取得中国央行的支付牌照，将支付宝资产从阿里巴巴集团中剥离(软银和雅虎拥有阿里股权，违反了中国相关规定)。这一举动引起了雅虎和软银的反弹，孙正义曾坚持VIE协议控制的结构足够让支付宝绕过中国政府的监管，拿到牌照。马云的做法同时也让国际资本市场对中国互联网企业长期使用的协议控制“可变利益实体”(VIE)的结构产生了质疑，中概股股价大跌。
2011年10月11日，“淘宝商城中小卖家抗议事件”爆发：数千名中小卖家因不满淘宝商城提高技术年费和保证金金额，通过恶意拍货，疯狂点击直通车等方式对商城大卖家进行攻击，诉求是要求淘宝尊重小商家的利益。阿里巴巴集团在杭州总部召开发布会，马云亲自出面致歉，对中小卖家做出让步，新规延期，并承诺追加投资18亿元，推出五项扶持措施。
2012年2月阿里巴巴集团向香港上市的阿里巴巴董事会提出私有化要约。当时阿里巴巴集团及其一致行动人持有此上市公司73.5%的股份，为了以溢价60%收购余下的股权，阿里巴巴集团总计花费190亿港元左右。
经过了复杂的资本运作，阿里巴巴成功的和雅虎签订协议，以71亿美元价格回购雅虎所持20%股份。阿里集团给出的公告显示，阿里集团回购雅虎所持39%股份的一半。国家开发银行、中投公司和20-30家金融PE机构为阿里的回购股权提供了融资。雅虎将继续拥有阿里巴巴20%的股权，阿里巴巴如果在2015年重新上市，则有权以首次公开招股价回购雅虎剩余的阿里巴巴股份，或允许雅虎在IPO时出售股份。为了收回股权，马云经历了资本市场的腾挪闪转，在两年时间里，多次传出阿里要收回股权，甚至收购整个雅虎的传言。整个阿里集团在2012年融资需求87亿美元。马云重新获得了公司的控制权。
2013年1月10日，阿里宣布调整业务架构和组织，将7大事业群调整为25个事业部，具体事业部的业务发展将由各事业部总裁(总经理)负责。马云邮件称：“这是阿里13年来最艰难的一次组织、文化变革。” 1月15日，马云宣布不再担任阿里巴巴集团CEO，5月10日将会宣布新CEO。支付宝现任CEO彭蕾是热门人选。
2013年4月29日晚，阿里巴巴和新浪微博正式对外公布，阿里巴巴中国与新浪微博签署战略合作协议，阿里以5.86亿美元购入新浪微博公司发行的优先股和普通股。业内人士普遍认为,阿里巴巴投资新浪微博,是为了了却马云的SNS情节。也有担心称，新浪会变成一个大号的美丽说，成为阿里导流的工具。加拿大华人网 http://www.sinoca.com/
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