被囚的人群
在特雷霍特的尝试之后，研究者开始规划一项规模更大的研究，就是通过所谓的“正常接触”感染受试者，具体方法是让他们和已经患病的异性性交。
1945年，一名危地马拉的卫生官员在VDRL工作了一年，期间，他主动要求在他的祖国开展研究。这名官员叫胡安•富内斯（Juan Funes），是危地马拉性病控制部的负责人，是协助研究的不二人选。当时的危地马拉，卖淫是合法的，政府要求性工作者每周去诊所检查、治疗两次。富内斯负责一家大型诊所的监管工作，可以推荐得了性病的妓女参加美国的实验。科特勒和VDRL的其他科学家很快就接受了这个提议，他们起草的计划得到批准，并获得了110 450美元的资助。
危地马拉方面的一份报告指出，美国的研究项目涉嫌蓄意传播性病，明确违反了当时的危地马拉法律。但在上世纪40年代中期，危地马拉正在经历一次政治动荡，该国官员对美国的计划并不反对，像危地马拉公共卫生部长路易斯•加里奇（Luis Galich）就参与了美国的研究，甚至1945年当选总统的胡安•何赛•阿雷瓦洛（Juan José Arévalo）也难逃干系，他对美国科学家在危地马拉开展梅毒研究一事，至少是有所耳闻的。对危地马拉的官员来说，美国的这次研究提供了一个机会，使他们得以利用美国的资金来提高自身落后的卫生条件，引进先进的科学技术。
科特勒在1946年8月抵达危地马拉，开始筹备实验。他的计划是先通过验血来诊断性病，然后检验青霉素和一种名叫“orvus- mapharsen”的药剂的防病效果。起初，科特勒利用染病的性工作者来向士兵传播淋病，他和同事给这些性工作者接种了几种菌株，然后让她们与大量男性发生性关系。资料显示，有一名妓女在71分钟内与8名士兵发生了性关系。此外，研究人员还利用性工作者在一所监狱内开展了研究。
可是，用这种“自然”的方法来造成感染也并不容易，于是研究人员改用接种法。他们用带病溶液擦拭受试者的尿道，或者用一根牙签将溶液送入受试者的尿道深处。在危地马拉的国家精神病院，科学家在男性病人接触病原体之前先将其阴茎划破，以此增加感染的机会；他们还在七名女性病人的脊髓液中注入了梅毒。
根据美国生命伦理顾问委员会的报告，科特勒的研究组共使558名士兵、486名精神病人、219名囚犯和39名其他人士接触了淋病、梅毒或软疳。但委员会无法确定究竟有多少人受到感染，又有多少人被治愈。有些实验在精神病人、囚犯和军人之外，还用到了孤儿和麻风病人，研究人员对所有实验中诊断测试的精确性都进行了测定。
委员会表示，没有证据表明科特勒在实验时获得过受试者的同意，虽然有几次他的确获得了军队长官、监狱官员及精神病院医生的许可。在一封写给他的上司、VDRL主任约翰•马奥尼（John Mahoney）的信中，科特勒坦白自己对精神病院的病人有欺骗行为，目的是给他们注射梅毒，然后治疗。
科特勒和同事对待有些受试者的手段相当残忍。生命伦理顾问委员会详细描述了当时的一个案例：美国医生用梅毒感染了一个名叫伯塔（Berta）的女精神病人，但在接下来的三个月里都没有为她治疗。伯塔的身体越来越差，又过了不到三个月的时间，科特勒报告说她已濒临死亡。这时，他又一次用梅毒感染了伯塔，还把一个淋病患者的脓汁注入她的眼睛、尿道和直肠。在接下去的几天里，伯塔的眼睛里渗出脓汁，尿道里流出鲜血，不久之后就死了。
不过，科特勒在危地马拉也做了一些好事。他致力于改善公共卫生、在军队医院里发起了一个性病治疗项目，还为陆军制定了一个疾病预防计划。他为孤儿治疗疟疾，游说上司为陆军提供青霉素（但遭到拒绝），还为当地培训了一批医生和技术人员。另外，他还帮助142位病人恢复了健康――他们可能都患有性病，但不是在他的研究中感染上的。
他在报告监狱研究时写道：“对方很欢迎我们的团队，无论是监狱管理人员还是囚犯都是如此。我们认为，这是因为我们为他们提供了一个性病治疗项目，而这些东西是他们以前所没有的。我们因此觉得，这个治疗项目是值得的，也是完全正当的。”
到最后，科特勒的实验并没有获得多少成功，部分原因是，他无法在不使用极端手段的前提下感染受试者。他后来获准将实验从1948年6月延期到当年12月。那年年底，他离开了危地马拉。此后，其他研究人员公布了部分验血结果，但科勒没有公布他对防病技术的研究。生命伦理顾问委员会指出，他的那些实验不仅是对人伦的肆意违反，而且在筹划和执行上都十分糟糕。
一段显赫的职业生涯
虽然经历了种种失败，但科特勒的履历倒是因为这些研究变得光彩起来。回国之后才几个月，世界卫生组织就委托他带队去印度，指导对性病的诊断和治疗。上世纪60年代，他又前往阿拉巴马州，在臭名昭著的塔斯基吉实验（Tuskegee experiment）中做研究带头人――在这项实验中，研究人员对数百名患有梅毒的黑人研究了几十年，却始终没为他们治疗。科特勒在美国公共卫生服务部里干得风生水起，后来又在匹兹堡大学当上了国际卫生教授。2003年，科特勒逝世，而危地马拉实验的揭露还要等到很久之后。
迈克尔•乌吉安（Michael Utidjian）是一名流行病学家，上世纪60年代末在匹兹堡大学工作，曾和科特勒合作过两篇论文。据他描述，他的这位前同事对性病研究相当尽心，对国际研究也很有热情。“在印度，他用青霉素治疗了几种较为常见的性传播疾病，开辟了一片新的天地，”但伍提健也表示，科特勒是一位有缺点的研究者，“我觉得他不算是一流的科学家，在研究的策划上也不杰出”。两位科学家合作检验了一种局部预防技术的效果，但实验相当糟糕，结果“没有什么价值”。
在危地马拉，那些受试者的下场比科特勒凄惨得多。在拉斯埃斯卡雷拉那所铁皮屋顶的房子里，当年的受试者拉莫斯已经皮包骨头、举步维艰，说起话来含糊不清，加上牙齿掉光，更叫人难以理解。他说，他一直拖到大约十年前、痛得无法小便时才去看病。他的儿子将他紧急送往医院，医生给他插了一根导尿管，后来又做了一次手术。
冈萨罗•拉马雷斯•蒂斯塔（Gonzalo Ramirez Tista）和拉莫斯居住在同一个村子，他说他父亲塞尔索•拉马雷斯•雷耶斯（Celso Ramirez Reyes）也曾在军队服役的三年里参与那些实验。那些科学家要求他和感染了性病的性工作者发生性关系，还给他打几针，没过几天，他就发现自己的阴茎里流出了脓水。“他离开军队时还有那样的症状，后来还传染了我母亲，”蒂斯塔说。退伍后的雷耶斯饱受淋病的困扰，身体溃烂、视力下降，而且容易困倦。
和拉莫斯的家人一样，蒂斯塔也对美国政府提出了赔偿诉讼。他和拉莫斯都无法用档案支持自己的主张，但危地马拉人权调查办公室的帕布罗•维纳 （Pablo Werner）医生仍对这两起案件展开了调查，结果发现，拉莫斯和雷耶斯的叙述，可以由他们的参军时间和他们提供的病例细节得到证实。另外，科特勒曾在论文中列出一份档案，调查人员据此整理出了一个受试者数据库，雷耶斯的名字也在其中。
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