经过了复杂的资本运作，阿里巴巴成功的和雅虎签订协议，以71亿美元价格回购雅虎所持20%股份。阿里集团给出的公告显示，阿里集团回购雅虎所持39%股份的一半。国家开发银行、中投公司和20-30家金融PE机构为阿里的回购股权提供了融资。雅虎将继续拥有阿里巴巴20%的股权，阿里巴巴如果在2015年重新上市，则有权以首次公开招股价回购雅虎剩余的阿里巴巴股份，或允许雅虎在IPO时出售股份。为了收回股权，马云经历了资本市场的腾挪闪转，在两年时间里，多次传出阿里要收回股权，甚至收购整个雅虎的传言。整个阿里集团在2012年融资需求87亿美元。马云重新获得了公司的控制权。
2013年1月10日，阿里宣布调整业务架构和组织，将7大事业群调整为25个事业部，具体事业部的业务发展将由各事业部总裁(总经理)负责。马云邮件称：“这是阿里13年来最艰难的一次组织、文化变革。” 1月15日，马云宣布不再担任阿里巴巴集团CEO，5月10日将会宣布新CEO。支付宝现任CEO彭蕾是热门人选。
2013年4月29日晚，阿里巴巴和新浪微博正式对外公布，阿里巴巴中国与新浪微博签署战略合作协议，阿里以5.86亿美元购入新浪微博公司发行的优先股和普通股。业内人士普遍认为,阿里巴巴投资新浪微博,是为了了却马云的SNS情节。也有担心称，新浪会变成一个大号的美丽说，成为阿里导流的工具。
2013年5月10日，马云正式结束自己14年的阿里巴巴集团CEO生涯，交棒给陆兆禧。但马云绝对是“垂帘听政”、“退而不休”。接近集团核心层的人士透露，后马云时代，集团最重要的目标是上市。其实，为了上市，马云卸任前为集团做了一些“自选”动作，公司组织架构大调整、斥巨资入股新浪微博、布局移动互联网入口以及在淘宝网进行打假等。
2013年5月28日，阿里巴巴集团联合银泰集团、复星集团、富春集团、顺丰集团、中通、圆通、申通、韵达等多家民营快递企业，在深圳联合成立菜鸟网络科技有限公司，并同时启动中国智能骨干网(简称CSN，阿里内部称物流地网)的项目建设，马云卸任阿里巴巴集团CEO职位后，再度出山组建物流网络平台并担任菜鸟网络科技有限公司的董事长。
7月，马云、赵薇拜访“大师”王林。并有照片曝光。传说“大师”可以空杯来酒，空盆来蛇。让“大师”王林瞬间成为热议。马云微博回应称，“对未知的探索，欣赏和好奇是我的爱好，即便是魔幻术，挑战背后的奥秘也快乐无穷。好奇心让人受益。”
7月13日开始，香港南华早报中文网刊登了记者刘怡对马云5月底的专访内容。其中一些涉及政治的言论引起了广泛争议。《南华早报》和阿里巴巴先后就此事发表声明，双方在涉事言论解读问题上各执一词，陷入罗生门。毫无疑问的是，这件事情让马云陷入舆论漩涡。加拿大华人网 http://www.sinoca.com/
SinoCa.COM All Rights Reserved.