2006年11月20日，阿里巴巴宣布百安居区原总裁卫哲正式加盟阿里巴巴，并出任集团资深副总裁兼企业电子商务(B2B)总裁。2011年初，阿里爆发“欺诈门”，网站上含有欺诈信息的投诉不断上升，马云整肃风气，卫哲因此辞职。
2007年11月6日，进行架构调整，拆分B2B业务的阿里巴巴，将B2B公司在香港挂牌成功上市。融资16.9亿美元，一度成为中国市值最高的互联网公司。上市时，马云曾放出豪言：“错过了谷歌，你不能错过阿里”。 在上市首日，阿里巴巴以39.5港元收盘，首日上涨192%的出色表现创下多项纪录。但随后几年，阿里股价不断下挫，跌破发行价，承诺不卖股票的马云也多次套现。
“阿里巴巴集团旗下现在唯一赚钱的生意是阿里巴巴”，一位IT记者这么描述2008年的阿里。2008年马云追加20亿投资淘宝，淘宝也不负众望，在2008年中国经济寒冬的情况下，淘宝网的交易量接近1,000亿元人民币，上升了131%。在之后的几年，高速发展的淘宝成为中国C2C电子商务的垄断平台。 同时，借助淘宝带来的高流量，阿里旗下的B2C平台淘宝商城在2008年成立，发展迅速，2012年更名为天猫商城，并且在年底已经占据了中国BC2在线购物的半壁江山。
2010年开始，雅虎和阿里的矛盾日益浮上台面。2010年9月阿里巴巴欲回购雅虎所持股份，雅虎不同意，时任CEO的卡罗尔·巴茨作风强硬，同时雅虎在阿里巴巴的董事会席位增加，投票权上升到投票权增至39%，而马云等管理层的投票权却降至31.7%。
“我做了一个艰难的决定，虽然不完美但是正确。”马云这样谈论支付宝事件。作为阿里巴巴旗下极有价值的金融资产，网络支付渠道支付宝占据中国网络支付一半的市场份额。马云为了取得中国央行的支付牌照，将支付宝资产从阿里巴巴集团中剥离(软银和雅虎拥有阿里股权，违反了中国相关规定)。这一举动引起了雅虎和软银的反弹，孙正义曾坚持VIE协议控制的结构足够让支付宝绕过中国政府的监管，拿到牌照。马云的做法同时也让国际资本市场对中国互联网企业长期使用的协议控制“可变利益实体”(VIE)的结构产生了质疑，中概股股价大跌。
2011年10月11日，“淘宝商城中小卖家抗议事件”爆发：数千名中小卖家因不满淘宝商城提高技术年费和保证金金额，通过恶意拍货，疯狂点击直通车等方式对商城大卖家进行攻击，诉求是要求淘宝尊重小商家的利益。阿里巴巴集团在杭州总部召开发布会，马云亲自出面致歉，对中小卖家做出让步，新规延期，并承诺追加投资18亿元，推出五项扶持措施。
2012年2月阿里巴巴集团向香港上市的阿里巴巴董事会提出私有化要约。当时阿里巴巴集团及其一致行动人持有此上市公司73.5%的股份，为了以溢价60%收购余下的股权，阿里巴巴集团总计花费190亿港元左右。加拿大华人网 http://www.sinoca.com/
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