酷刑下冤上加冤
杭州知府陈鲁听了案卷后，一拳击在案卷上，说：“奸夫淫妇谋害亲夫!”立即传审杨乃武，根本不容他分辩，即施“跪火练”酷刑。杨乃武双膝被烧焦，只得招供：自己与葛毕氏同院居住，后“调戏成奸”，八月二十四日二人在葛家“房内玩笑”，被葛品连撞见，自己逃走。九月二十日，见到葛毕氏，她说被丈夫责打，自己“恋奸情热，起意把葛品连毒死”。十月初五日将砒霜“密交葛毕氏收藏，嘱她乘便下手”。初九日，葛毕氏把砒霜和入桂圆汤内，毒死葛品连。
陈鲁追问砒霜自何而来?杨乃武想起从余杭到杭州，经过东乡仓前镇，曾见有一家药铺门口挂着“钱记爱仁堂”的招牌，随口供认：“因有事去杭州，十月初三日路过仓前镇，在爱仁堂捏称毒鼠，用钱四十文，买得砒末一包。”陈鲁问药店老板叫什么名字，杨乃武胡说是叫“钱宝生”。
陈鲁又审问葛毕氏，她惧怕再受刑，所供同前。接着传证人，先传沈喻氏，她听到杨乃武和葛毕氏的供词后，也顾不得考虑是真是假，只是满腔仇恨要为儿子报仇，因而信口开河、胡说八道：“初九那天下午，我给儿子换衣服，见七窍流血，浑身发黑，盘问媳妇，她承认是杨乃武给她砒霜，毒死我儿子，十一日我便报官。”陈鲁也不想想，初九就知道自己儿子被毒死了，何以十一日才报官?再传王林和王心培，他们心里明白：八月二十四日葛品连责打妻子，杨乃武并未来葛家;葛品连死前发烧，确有病情，但他俩见杨乃武和葛毕氏都已承认，何必再为他们申辩，遂也信口雌黄，作了伪证。
十月二十七日，陈鲁令刘锡彤传讯“钱宝生”，实则他叫钱坦，根本没有卖过砒霜给杨乃武。刘锡彤让陈湖和沈彩泉威逼利诱，钱坦只得承认卖砒霜给杨乃武。此时，自刘锡彤以下，大家都知道杨乃武与葛毕氏是冤枉的，但各自出于个人目的，不仅无一人为他们伸张正义，且都竭力作伪证。
陈鲁接到钱坦的伪证后，草草定案，根据《大清律例》拟罪：葛毕氏“凌迟处死”，杨乃武“斩立决”，上报浙江巡抚杨昌浚。
杨昌浚审此案时，为慎重起见，派黄岩县候补知县郑锡滓到余杭县微服私访。刘锡彤事先得消息，盛宴款待，重重贿赂，二人竟联名回复杨昌浚，称“案情确凿，无冤无滥”。杨昌浚也没留意调查者和被查者居然共同写“密访”结论，于是上报刑部。各级官吏草菅人命，可见一斑。
杭州府三堂会审
刑部接到案卷后，正在复核。同治十三年(1874年)四月，杨乃武在狱中写了“供辩”，详细揭露了葛毕氏受刑后攀诬自己，自己亦在酷刑下屈打成招的经过，并设法将这份“供辩”送到自己姐姐叶杨氏(杨菊贞)手中。叶杨氏让家中佣工王阿木和其堂弟王和尚，携杨乃武的“供辩”到京师都察院呈递。京师都察院按例行公事，将此“供辩”发还杨昌浚复查此案。
杨乃武在“供辩”中控告陈鲁严刑逼供，但杨昌浚却令陈鲁复审此案。陈鲁复审时，根本不许杨乃武分辩，只是用重刑威吓，杨乃武知道，寄希望于陈鲁平反此案，无异于与虎谋皮，为免再受皮肉之苦，只得再次招认;葛毕氏更不敢翻供。陈鲁仍照原审结果，上报杨昌浚。
这年九月，杨乃武再次写了呈词，由其妻詹氏托人上京师步军统领衙门上告。步军统领衙门又上奏朝廷，慈禧太后第一次知道这案子，降旨：“交杨昌浚司亲提严讯。”杨昌浚发现事情闹大，决定请湖州知府锡光代为复审，因为他知道慈禧太后对他们这批汉人封疆大吏不信任，希望由一位满人官员复审，一是取得慈禧信任，二是万一发现复审有问题，自己可以开脱责任。
锡光正要复审，同治十三年(1874年)十二月五日，同治帝病死，光绪帝继位。国有大丧，一切政务均要搁置，锡光赶回湖州府设奠哭灵，直到第二年(1875年)二月十二日才继续复审。这次复审即为后来文艺作品中所描绘的“三堂会审”。
这次审讯没有动刑，杨乃武、葛毕氏双双翻供，讲出历次严刑逼供之事;钱坦也讲出刘锡彤如何威逼他承认卖砒霜给杨乃武之经过。锡光不知如何是好，请示杨昌浚。杨心想：以前历次上报朝廷，都坚称案情确切，若这次否定了，等于否定了自己以前所为，会影响前程，因而以“未能审出结果”的话搪塞朝廷。
胡瑞澜奉旨复审
有个刑科掌印给事中王书瑞，上奏再次垂帘听政的慈禧太后，指出此案可疑之处。慈禧太后派浙江省提督学政胡瑞澜复审此案。胡瑞澜与杨昌浚私交甚厚，他到杭州后，和杨昌浚密谋，决定维持原判。胡瑞澜虽知道杨乃武冤枉，却不能让他申冤，办法是从他的供辩中找出破绽，堵住他的口。
原来，杨乃武在供辩中急于洗刷自己，有两处不实：一是他胡说八月二十四日是余杭县衙役何春芳在葛家与葛毕氏通奸，被葛品连撞见，胡瑞澜传来葛毕氏与何春芳，二人皆否认此事;二是杨乃武诬称葛品连死后，余杭县衙役在葛家“私议两日”，借以勒索他，经审，亦无此事。
胡瑞澜又审葛毕氏，令葛毕氏务必说清“葛品连如非中毒，到底因何死亡?”葛毕氏不知道，胡瑞澜以刑相吓，葛毕氏只得胡说丈夫因负债过多，无力偿还而自尽。胡瑞澜又问她：“欠谁的债，以何方式自尽?”葛毕氏无言以对，只得承认是胡说。
胡瑞澜抓住杨乃武与葛毕氏在无关紧要问题上的不实之词，小题大作，并咬定其他事上也是假话，用“跪火砖”等酷刑对他俩日夜不间断地“熬审”，迫使他俩不敢再翻供，其实这也是替杨昌浚打击报复。
最后一堂，杨乃武双腿被夹断，葛毕氏乳头也被人用铜丝穿入，二人画供时已气息奄奄，神志模煳。文艺作品写杨乃武将姓名写成“屈打成招”四字，查无此事。其实是杨乃武失去知觉，差役抓他手按个手印。
老奸巨滑的胡瑞澜在给慈禧太后的奏折中，一方面肯定了以前审讯的结果，另外又想借主持科举考试一走了之，以免节外生枝。杨乃武已经彻底绝望，在狱中作联自挽：
“举人变犯人，斯文扫地;学台(胡瑞澜)充刑台，乃武归天。”加拿大华人网 http://www.sinoca.com/
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