1995年03月23日，菲律宾破坏五方礁、半月礁、仙宾礁上中国设置的标识。03月27日，中国外交部发言人就南沙群岛有关问题答记者问说，菲律宾海军拆除中方前些年(1987年)在南沙一些岛礁上留下的测量标志的行为无益于问题的解决，也无损于中国对南沙群岛的主权。1995年5月13日，菲律宾挑起第一次美济礁事件，菲政府组织了38名本国与外国记者，分别用船只和直升飞机载运到美济礁进行所谓的“采访”，企图使美济礁事件引起国际上的关注，最终在中国渔政船拦截及全体守礁人员的保卫下宣告失败。
1998年10月，菲律宾再次挑起美济礁事件。他们拍了一组中国船在原建筑旁卸货的空中侦察照片，指责中国在美济礁扩大“军事建筑”。这一次美济礁在护卫舰保护下开始施工，有效控制了美济礁——这标志着中国对美济礁的控制由非驻房式渔政控制改变为驻房式渔政控制(护卫舰保护是一时的，中国在美济礁的驻守后来还是渔政驻守，是驻警，不是军事驻兵，二者部分相同部分不同，渔政警员也带有武器)。
值得注意：菲律宾干扰中国的建设，理由不是说中国建设渔民避风之类的民事设施，而是担心和反对中国在美济礁建军事设施、驻兵。中国为减少矛盾，至今只是驻扎渔政船人员(渔政警员队)而不驻兵，美济礁是老七礁里长期唯一没有驻兵的，2013年美济渔政才由农业部渔政司改为隶属军方。2015年开始吹沙填海以建成大型渔港后，将来需要军事防卫，将来可能会驻兵保护。
1998年11月，中国工人在美济礁上紧张施工
1998年11月，中国工人在美济礁上紧张施工
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