进城后的干部配备，中央在1949年2月3日已早有准备：“如南京国民党不准备集中兵力守南京等城，我们可能于三月或四月占领南京。华东、华中调动集中及训练一万五千名干部的工作，应立即动手去做，并于二月底前去徐州集中待命。华北局所派一万七千干部在石家庄训练，交华东局率领随华野、中野向江南前进。哈尔滨、沈阳、唐山、天津、北平的城市工作干部，准备抽调相当数量去接收上海、南京、苏州、杭州诸城。”(总共中央发出《关于调度准备随军渡江南进干部的指示》，1949年2月3日，中央档案馆藏)也就是准备派出大量北方干部接收江南城市。这说明全国胜利前夕，中央早就决定排斥原地方干部的方针。
解放南京给陈修良带来了极大的振奋，很快被无数的困惑和谣言所代替。作为前市委书记和现组织部长的她被推到了会师后的南下干部与地方干部冲突的风口浪尖。在管理城市的问题上，没有现代技术知识的农民出身的干部很难胜任承担厂长、校长、经济部门管理这种负责工作，当陈修良按照宋任穷的意思，把原地下党配备担任副职以后，就有外来干部向上反映：“副职全是地下党的，想要与我们平分秋色。”
在南下干部优先已任命之外，还有些空缺的领导岗位，市委要求组织部提名，市委党委会议上批准。陈修良根据党的干部标准，把一些经过考验的原市委领导人分配到政府和群众团体的领导岗位上。柯庆施等人就说陈修良搞“本位主义，任人唯亲”。
还有人暗中挑拨离间，说会师以后，南京地下市委还在秘密开会。传到刘峰、朱启銮同志的耳边，他们很奇怪，一再打电话给陈修良，要求面晤。陈说：“我恐因此更惹起是非，没有同意碰头，但谣言仍在流传，日子很不好过。”
陈修良以前在策反和情报工作中，曾经强调为了配合解放军解放南京，“使战士少流血”，却被说成“言下之意好像地下党很有力量，可以不依靠解放军打进来，就能先解放南京。”(陈修良工作笔记)柯庆施在一次常委会上说：“过去地下党同志有一个口号叫做‘保管好工厂，将来就好当厂长’，那么说，你保护好了总统府，总统就是你当了?”(陈修良《关于南京党的几个问题》，1969年6月4日，手稿)陈修良当场驳斥没有这回事，但邓小平却相信了。后来在南京全体干部4000人大会上，也当着大家的面批评陈修良。
南下干部不相信原南京干部是真革命者，经常把原南京当的秘密活动视为是国民党“特务”工作，就经常跟踪后者，看他们是否与暗藏的敌人接触;有的未经批准在驻地抓特务，除上述错捕两个原秘密党员外，公安局发现一个为蒋介石接电话的党员，认为他是“特务”加以逮捕，经过了近30年，“四人帮”垮台后这位同志才经流放地回到南京平反。人生的主要经历都在冤狱中度过。
一位原秘密党员由于工作出色，解放后当了公安局的邮政科科长。另一个南下干部不服气，千方百计找他的茬儿，有一次两人吵架，科长一发火，把枪在桌子上一拍。于是就造谣地下党员要“枪毙共产党员”。此事反映到市委，把这位科长当作反革命抓了起来。陈修良作了调查，认为是误会，不是反革命，应该批评教育。在4000人干部大会上，南下领导人又以此为例，说：“一个公安局的科长，要枪毙一位共产党员，还不是反革命吗?”结果在接着进行的整党运动中，这位科长被整治的死去活来，自杀了。
胜利会师时，陈修良和秘密党的干部来不及换装，仍穿旗袍、皮鞋、西服。于是在解放军官兵中，流传起这样一个描述城市妇女的顺口溜“
头发是火烧的——烫发。
胳膊是摸鱼的——旗袍和短袖衫。
腿是过河的——小腿外露。
鞋是跌人的——高跟皮鞋。
有一次，陈修良因穿了一件有垫肩的外套，柯庆施竟然拍着陈的肩膀、当着许多战士的面说：“大家看看，这就是资产阶级服装。”故意羞辱陈修良。就这样，解放后的南京市委组织部部长陈修良和原南京地方的党员，即被围困在谣言四起的压抑环境中，工作十分困难，思想极为痛苦。在全国解放前夕，为了与南下干部区别，党内出现一个新名词“地下党”。在建国后成为中共另类党组织的代名词，具有很强的贬义。历次运动中凡发现有“地下党”历史背景，可以成为审查和打倒某个人政治问题的充分理由，到“文革”时更是登峰造极。他们的逻辑是：凡“地下党员”如果没有成为烈士，活下来的就一定是叛徒或潜伏下来的特务(南京以外的一切城市工作的地下党员，无不如此)。所以可以现作为“叛徒特务”关押起来，进行打击和迫害，再进行审查。结果南京的地下党员2000人，后半生在历次运动中受尽屈辱和迫害，许多忠诚的同志，没有牺牲在敌人的屠刀下，却被害死在“红色冤狱”中。活到“文革”后获得平反的，也已无法挽回逝去的岁月。
对所谓地下党的几种整肃，在南京解放后很快到来。华东局第一书记于9月17日在南京国民大会堂召集了一次南京市支书及排以上干部党员大会(也称4000人大会)。会上的报告题目是《论忠诚与老实》，吹响了对南京地下党进行全面整顿(实为打击与迫害)的号角。
这个报告，在不作起码调查的基础上，以听信党内上述种种谣言为依据，推翻刘伯承所作的“会师是成功的”结论，竟说“南京会师不好”。而主要原因是原南京市委在淮海战役后，组织大发展，致使大量“反革命分子混进党内来”，竟不顾事实把南京党员数夸大为七八千到一万人。报告还借用毛泽东在延安整风时的话说：南京党内存在着三种人：“一条心”的(与党一心一意);“两条心”的(混进党内的破坏者，即反革命);“半条心”的(包庇反革命的，组织上入党，思想上没有入党的)。把责任指向陈修良，说就是党内“半条心”的在包庇“两条心”的反革命。所谓“包庇反革命”是因为陈修良经过核实，认为那位与解放军吵架的邮政科科长不属于反革命。报告说：地下党在解放南京问题上要与解放军争功。保护了总统府，就想党总统了!陈在会上当即递条子指出，所举事例，均属不实，却遭到讥讽训斥。
报告还用根据地及解放军的党史“大儿子”、地下党是“小儿子”这种封建继承制的定位法，说明从南京开始所有长江以南解放城市的领导班子，必须以前者为主，后者必须拥护和服从，否则就是“不老实”。
在听完这个报告后，陈修良气愤得浑身发抖，同志们都散去了，她却坐在原地，站不起来。因为她无法与大人物平等对话，澄清事实，讨还公道，并且必须在会后，由她领导的原南京“地下党”进行集中复习和整顿，还要她作违心的动员报告，拥护这个报告，检查自己的“错误”。
整党开始不久，陈修良到北京出席亚洲妇女代表大会，接着又作为中国党政代表团派赴苏学习“老大哥”的治国经验。半年后当她回国时，看到了南京整党运动报告真感到触目惊心。加拿大华人网 http://www.sinoca.com/
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