这些一手材料、尤其从太平军中带回的、太平天国自己的印书和文件，让兴奋过头的传教士们趋于冷静。他们埋怨洪仁玕为了争取同情和美化洪秀全，刻意隐瞒了他本该早就知道的、上帝会的那些“异端思想”，并开始更仔细地探讨上帝教。不过总的来说，在1860年之前，新教传教士对上帝教的态度，是中立偏好感的，认为尽管上帝教不乏“异端邪说”，但终究更接近基督教，是可以“改造”的，洪仁玕的受洗和信誓旦旦要去天京“修正上帝教”，让他们更加坚信，太平天国所欠缺的，只是正确的教义和合格的传教士，这一切将随着他们的到来迎刃而解。
1859年，洪仁玕在传教士资助下从香港启程前往天京，并很快传出他成为精忠军师干王、“太平天国首相”的消息，这让新教传教士欣喜不已。他们相信洪仁玕是合格的教徒，不仅可以纠正洪秀全的宗教错误，而且有望为他们打开进入太平天国世界的方便之门。
洪仁玕不是一个公正的历史记录者，他在叙述洪秀全和自己事迹时常常任意剪裁、臆造，加以美化，在香港明明是给传教士当学生，在他记述中却成了给洋小孩当先生。他提到理雅各、詹马士两位“夷长”曾帮助他，前者回英国出差，曾叮嘱他不要去天京冒险，后者劝阻不住就给予资助，后来还把洪仁玕家属送到天京。但理雅各和詹马士其实是同一个人，即苏格兰传教士、著名汉学家，新教公理宗伦敦布道会传教士詹姆斯.理雅各（James Legge）其对洪仁玕前往天京，一直持支持态度。
这一时期另一个百折不挠，一心前往天京的，是罗孝全。由于美国官方的反对，加上经济困难，罗孝全几次都半途而返，但仍锲而不舍地继续努力。
和新教相反，天主教从一开始就对太平天国和上帝教不抱好感。
最早谈到上帝教和太平天国的天主教传教士，是法国遣使会江西主教田嘉璧（L.G.Delaplace），1852年10月6日他致信里昂和巴黎布道会理事，谈及太平军从湖南向湖北、江南进军，并叙述了上帝教传闻，此时太平军尚未抵达南京，这位天主教传教士的叙述，比同期新教传教士冷静得多。
1853年1月、6月，天主教方济各会湖广教区主教、意大利人里佐拉蒂（Rizzolati）和天主教南京教区主教赵方济（F.X.Maresca，法国人）相继发表了谴责太平天国宗教的文章；1854年，随布尔布隆使团访问天京的法国耶稣会传教士葛必达（Staislas Clavelin）成为第一个抵达太平天国管区的法国传教士，此后几年间，他和另一个法国传教士、天主教江西、浙江主教当尼库尔（E.Danicourt）成为谴责太平天国宗教最力的外国宗教人士。
天主教和法国人之所以态度迥异，一方面据说是因为天主教堂普遍有耶稣像、圣母像，被深受新教清教徒思潮影响的太平军当作“偶像崇拜”扫除，一些教堂、教徒也受牵连，另一方面，天主教和新教在中国为争夺信徒明争暗斗，认定上帝教是“新教产物”的天主教会，不免“恨屋及乌”，当尼库尔就曾讽刺太平天国是“新教胡作非为所产的畸形儿”。
由于欧美政府对太平天国兴趣降低，加上清方加紧封锁，自1854至1858年，没有一名传教士能进入太平天国境内。不过一些传教士仍然通过间接渠道，成为太平天国信息的传递者。
1860年，随着太平军占领苏南，和传教士集中的上海接壤，加上“基督徒”洪仁玕的掌权，外国传教士再度鼓起对太平天国的兴趣，并有更多机会直接接触上帝教。1860年6月，南部浸会的美国传教士高第丕（T.P.Crawford）、花兰芷（J.L.Hoimes）、赫威尔（J.B.Hartwell）等成为后期第一批抵达太平天国境内（苏州）的外国传教士，得到李秀成部的热情接待，留下“良好印象”；几天后，和洪仁玕有私交的艾约瑟、杨笃信、英国圣公会安立甘会牧师包尔腾（J.S.Burdon）、英国美以美会牧师伊诺森（John Innocent）、法国新教巴黎福音会牧师劳（Oscar Rau）抵达苏州，会晤了李秀成，一方面对在太平天国境内传教充满信心，另一方面对上帝教的奇怪教义不乏微词。当时这几位教士一致认为，上帝教“主流是基督教的”，一些错误是教义不清所致，只要加以正确引导即可大功告成，而洪仁玕将帮助他们实现这一点。
8月，在洪仁玕邀请下，艾约瑟等人再访苏州，进行了“推心置腹”的谈话，谈话中洪仁玕重申自己的基督教信仰，并口头邀请“更多传教士前来”。这让传教士们信心大增，他们带回的信息促使伦敦布道会发布单页，表示对太平天国“再度产生乐观期待”，除长老会外所有英国教会更联合致函外交部，要求继续严守中立，不帮助清朝攻打太平军。。
然而这种“郎情妾意”很快急转直下。
1861年3月21日，艾约瑟第三次访问太平天国，按照洪仁玕的邀请去天京传教，并打算建立教堂，结果发现所谓教堂根本无影无踪，洪仁玕的邀请口惠而实不至，他本人更已成为一个多妻的上帝教信徒。艾约瑟和太平天国要员就洪秀全是否上帝次子、天父能否下凡在杨秀清身上和三位一体究竟是否存在等宗教要义展开激烈争论，最终，他直接上书洪秀全，递交了《上帝有形为喻无形乃实论》的文章，直接挑战上帝教核心教义，结果洪秀全将原文大加删改，连标题都改为《上帝圣颜惟神子得见论》，两人不欢而散。
“感情破裂”的高潮，是罗孝全的来和去。
1860年9月24日，罗孝全抵达苏州，10月23日抵天京，并很快成为唯一在天京见过洪秀全的外国人，被封为“通事官领袖”和接天义，踌躇满志，打算在天京接收“18座大宅”开办教堂，大办传教事业。
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