《瞭望东方周刊》：有说法是，现在东湖的生态系统面临非常严峻的挑战。
曹文宣：东湖的生态系统现在比较糟糕。过去，有很多野鸭、水鸟在武汉东湖过冬，现在没有了，原因就是没有鱼虾、苦草等食物了。
1955年大学毕业，我就分配到了中科院水生生物研究所工作，到现在有58年了，我亲眼目睹了东湖的变迁。
上世纪60年代初，东湖有29科53属83种水生植物，到了90年代初期减少到52种。2013年全湖水生植物仅有14种。60年代东湖有鱼类79种，现在不到20种。
东湖生态系统遭到破坏，生物多样性下降，水体自净功能也随之丧失。现在东湖底泥中有很多有机污染物，过去曾是6个自来水厂的水源地的东湖，现在甚至都不能游泳。现在东湖就是一潭死水。
想要通过生态修复让东湖恢复曾经的生机，尤为重要的就是恢复江湖联系，恢复水位季节性波动。冬天把湖水排到长江，把水位降下来，让湖底更好地接受阳光照射，通过紫外线照射降解湖底有机污染物，让水生植物恢复。第二年湖底植物重新萌发成长，才能更多地吸收氮、磷等元素，从而缓解水质富营养化。
同时，要放弃渔产，不要大量放养一两种鱼。恢复江湖连通后，湖中的鱼将会形成自然的群落结构，可以发展游钓业。另外，还要把东湖周围的企事业单位排放的污水分流，用污水管道排走，不能排到东湖。
另一个，太湖生态系统也不乐观，主要有两方面原因。首先，太湖沿湖地区工业比较发达，特别是乡镇企业把大量的污水排进太湖；另外围栏养鱼严重破坏了太湖原有的生态系统。
现在长江无鱼可捕
《瞭望东方周刊》：长江水系外来鱼类物种入侵情况是怎样的？
曹文宣：外来物种入侵现象越来越多，不过各个地方不同。比如洞庭湖，有些外来鱼类和本土鱼类争抢食物，有些鱼卵与幼鱼也被外来入侵鱼类吃掉。外来鱼的种类已经很多，对当地鱼类的生存环境产生不小影响。外来鱼类入侵是非常严重的问题。
现在长江水系发现了本属于黑龙江流域的史氏鲟和鳇，还有从国外引进的俄罗斯鲟、西伯利亚鲟、杂交鲟等鱼类。原因是这些鲟鱼大都没列入保护动物，有些人就在长江水系养殖，当有些网箱出现了问题，它们就跑出来进入了长江。最令我担忧的是，我们长江特有的达氏鲟同这些鲟鱼在一起可能会出现杂交，改变物种的遗传性质。
《瞭望东方周刊》：建设三峡工程时，曾建立了“长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区”，它的情况怎样？
曹文宣：三峡工程修建过程中，先是修建了一个“长江上游合江—雷波段珍稀鱼类国家级自然保护区”。后来由于金沙江要修建溪洛渡、向家坝水电站，自然保护区进而调整到了向家坝以下，新增加了赤水河，一直到重庆的马桑河河口。2007年重庆想要修建小南海水电站，小南海到马桑河口有二十几公里，这里原来是实验区，进而马桑河口以下的江段也需要调整成保护区。中央基本同意这里的调整，具体由环保部划定界限，目前还没有划定。调整过程中，珍稀特有鱼类自然保护区的核心区没有调整。
仅在保护区的第一次调整中，国家就拨付了3.82亿元资金，贵州、云南、四川、重庆四个省区都拿了钱，特别是贵州分到不少，但有些人拿到钱买船、买车、修房子，管理不到位。在保护区内捕捞特有鱼类的现象屡禁不止，谈何“保护”？
其实近20年来，随着长江水资源的开发，还是做了很多工作，比如实行了长江水生资源保护计划，另外还设立了禁渔期，等等。但是在我看来，效果还不是很理想，对破坏鱼类资源的渔具不能很好禁止。
嘉陵江、汉江基本上都是电鱼船，洞庭湖等地捕鱼的“迷魂阵”遍布。白鳍豚、白鲟灭绝，江豚种群数量剧减，根本原因就是食物匮乏。
近年来，国家每年都在长江放流鱼苗。2010年全国共投入增殖放流资金7.1亿元放流经济物种，其中长江投入约2.5亿元。数据显示，长江中游湖北、湖南、江西三省的鱼类养殖产量每年都是增加的，但是捕捞产量并不乐观。
湖北2010年放流5.7亿尾鱼苗，应该反映在2011年的产量上。但是，2010年淡水养殖产量是326.72万吨、捕捞产量是26.36万吨，2011年淡水养殖产量335.62万吨、捕捞产量是20.59万吨，捕捞产量减少了5.77万吨。
具有代表性的还有被誉为长江“三鲜”的鲥鱼、刀鱼、暗纹东方，它们已经极度濒危。
上世纪60年代，鲥鱼产量稳定，每年产量在300吨和600吨之间，70年代波动很大，有些年份产量不足100吨，有些年份超过1600多吨，进入80年代，年平均产量只有79吨，到了1986年仅产12吨，80年代末期已经不能形成鱼汛。
鲥鱼每年春末夏初从海洋主要上溯到鄱阳湖水系的赣江产卵，幼鱼在鄱阳湖生长半年后就要游回海洋，渔民就在湖口一带撒网打捞幼鱼，打捞上来晒干做成饲料喂养家禽，就这样，致使长江流域的鲥鱼绝迹。
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