肯尼迪家族的噩梦还没有终结,1999年杰奎琳的爱子小约翰也在一次飞机失事中丧生,不过此时杰奎琳已经去世五年了。好在随着女儿卡洛琳在奥巴马政府中任职,肯尼迪家族的政治生命还在延续。
婚后两人很少在一起,奥纳西斯和杰奎琳的儿女相处很融洽,但杰奎琳和奥纳西斯的女儿不和,因此她经常外出旅游和购物。1975年3月15日奥纳西斯临去世前填了一张离婚书,根据婚前协议杰奎琳没有能得到奥纳西斯的遗产。此后杰奎琳一直生活在纽约,担任双日出版社编辑,和一位比利时裔的已婚钻石商人和企业家同居。
1994年她被诊断出患有淋巴腺癌,在第五大道的公寓中去世,享年65岁。她的葬礼经由电视向全国转播,虽然她自己希望葬礼只是局限在亲属之间。她被安葬在阿灵顿公墓已故的丈夫肯尼迪身边,克林顿总统发表书面演讲,她的两个孩子为她献上鲜花,标志着美国一个时代的结束,她的墓碑上刻着肯尼迪与奥纳西斯两个姓氏。
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