吴敦义是在从香港回到台湾后才确定出任行政院长一职。
台湾新任“行政院长”吴敦义首次到立法会备询，遭到了在野的民进党强烈抗议抵制，其原因是吴敦义上台前访问香港引发的争议风波。
吴敦义接任此一重要职务前到访香港之所以引起争议，主要是因为民进党立委质疑，其是否奉马英九之命会见了代表北京方面人士，形同台湾指派行政院长先向北京要求核可。
周五是台湾立法院本会期开议日，按惯例行政院长需到立法院备询，但在民进党的杯葛下，吴敦义上午一度无法上台报告其未来施政方针。
吴敦义近中午时虽然得以在人数占压倒性优势的国民党立委护卫下上台报告备询，但持续与民进党立委对其香港行言词交锋。
访港争议
民进党立委叶宜津质疑其是否奉马英九之命前往香港时，吴敦义答称他在九月四日受到马英九询问是否有意出任行政院长，但他当时称尚未能决定。
他说在从香港回到台湾后再度与马英九会面，才确定出任行政院长一职。
在叶宜津不断追问下，吴敦义说他曾向马英九报告要到香港会见梁振英，并得到马英九的同意。
原任国民党秘书长的吴敦义对于九月五日访问香港一事，原表示是与被认为是下届香港特首热门人选梁振英会面，考察香港对泥石流的防范。
晤大陆官员
但其后有媒体将其与中国全国政协委员郭炎见面的照片曝光，吴敦义也承认见了郭炎，并称不知郭炎具有政协委员身份，也说他到香港陪儿子找一位陈先生算命。
吴敦义说他到访香港完全是私人行程，并称他在九月五日到访时尚未确定出任行政院长，确定的日期的九月六日。
由于吴敦义未在第一时间对外说明其香港全部行程，而是渐渐在更多质疑出现后才逐渐说明，这被在野党质疑是有意隐瞒。
绿营抨击
民进党主席蔡英文称，若吴敦义没有作不可告人之事，应坦荡说清楚讲明白，因为身为指标性政治人物，在政治敏感时刻去了政治敏感地方，社会有权提出质疑，吴敦义也有义务对社会清楚说明。
有国民党立委指出，吴敦义香港行曝光是因为陆委会有官员向外泄密，但陆委会对此予以否认。
陆委会称，吴敦义在访问香港时并非政府官员，且事先未要求陆委会协助，该会在香港官员对此一行程完全不知情。加拿大华人网 http://www.sinoca.com/
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