组织结构
学校的组织结构在很多方面都与众不同。首先是因为它是一所军事院校，学校的大部分结构与其他的空军基地相似。这在非学员单位显得更为明显――这些单位通常都来自第10地勤联队，为学校提供诸如安全保卫和工程建设等一类的基础服务。然而因为学校也是一所大学，教职和学员联队与地方大学又有很多相似之处。
学员联队
学校的所有学员组成了学员联队。学生通常被称为“学员”，与地方院校类似，按照他们入校时间长短分为四个年级。但是他们不被称为大一、大二、大三和大四学生，而是分别被称为四级、三级、二级和一级学员。四级学员有时也会被称为“（doolies）”，从希腊语δουλο? （"doulos"）而来，意为“奴隶”或者“仆人”。三个低年级学员按照他们的级别还被称为“四级（degree，下同）”、“三级”和“二级”。一级学员被称为“头儿（firsties）”。在建制上，学员联队的军官由一级学员担任，二级学员担任军士长，三级学员担任初级士官。
学员联队分为四个大队，每个大队中有十个学员中队。每个学员中队有大约110名学员，大体上四个年级的学员数目相等。经过挑选的一级、二级、三级学员担任中队、大队乃至联队级别的领导、作战以及保障职务。学员生活、阅兵和就餐均以中队为单位。军事训练和校内田径比赛均以中队为单位实施。每个学员中队和学员大队均由指定的被称为空军指挥官（AOC）的现役军官管理。以学员中队为例，AOC通常为一名现役少校。在学员大队，AOC通常是一名现役中校。这些军官对学员有指挥权，为学员在领导和军事职业问题上做顾问辅导，监督军事训练并为未来军官做出模范表率。
配属基地
学校校长是该基地的指挥官和高级军官。校长的职位通常由一名现役中将担任。校长大体上与地方院校的校长角色类似。同样地，校长负责监督学校的各个方面，包括军事训练、学术、体育、入学与基地的行政管理。学校是空军的直属单位，所以校长直接向空军参谋长负责。
校长的直接下属包括教育长和学员联队司令，这二者均为准将军衔；体育部长、第10地勤联队司令员以及预科班指挥官分别由一名上校军官担任。与其他空军基地一样，第10地勤联队为整个基地提供保障，包括民用工程、通信、医疗保障、人事、行政、安全以及基地服务。预科学校为达标的、在正式入校之前需要额外准备的青年男女提供学术、体育与军事课程。学校的所有训练飞行科目均由第306飞行训练大队负责，该大队直属空军教育与训练司令部，从而保证了与空军飞行训练保持一致。
监察委员会
按照美国法典第10编第9355节，国会对学校的监督是通过监察委员会来完成的。委员会对道德纪律、课程设置、教学、飞行训练、财务等与学校运作密切相关的事务进行调查。委员会每年至少召开4次会议，每半年向国防部长、参议院武装部队委员会、众议院武装部队委员会提交关于其观点和建议的报告。委员会的15名成员由总统、副总统、参议院武装部队委员会、众议院议长指派。2006年起规定委员会中必须有两名学校毕业生。
军事训练
学员的军事训练馆贯穿于其整个在校学习过程，但在4个夏天则由为紧张。新学员的第一次军事训练在为期6周的基本学员训练（BCT）中实施，就在第一学年之前的夏天进行。在基本学员训练――也称兽营――期间，学员将在四年级、三年级学员干部的领导下习得军人基本养成、习惯军校生活。新生将会学习或体验军人的基本养成与礼仪、着装标准、演习与庆典，学习军事知识，进行严格的体能训练科目。在基本学员训练的后半部分，新生将拉练到贾克斯谷，在那里他们将完成野外生存训练科目。在完成基本学员训练之后，新生将佩戴四级学员肩章，并许下荣誉实验正式被编入学员联队。
在军事训练上，四级学员通常是在校最苦的一年。除去他们的文化课程压力，对四级学员的其他的要求也非常严格。四级学员将学习多方面的军事、与学校相关的知识，并且对行为活动也有着严格要求――只能按照指定路线在学员区行走（包括只能在水磨石广场的大理石条纹上站立）、以严格规定的礼节与高年级学员交流。四级学员将在“识别章颁发”之后结束，这个过程将在身心上对学员进行考验，并在为四级学员颁发空勤识别章以示他们晋升为高年级学员时达到高潮。在识别章办法之后，对于他们的严格规定将随之解除。
在第一年之后，学员将对夏季军事训练有更多选择。在入学一年后的夏天，学员可以随部队部署参与空军军事行动（被称作“全球作战”），也可以参加滑翔机或者伞降训练。在60年代末期到90年代中期，学员还将于第二学年之前在贾克斯谷进行SERE训练（野外生存、撤离、抵抗和逃生训练）。这个科目后来在1995年由战斗生存训练替代，并于2005年完全取消。据计划在2008年还将引入一个类似的科目。在最后两个夏天，学员可以选择担任新训教官、去空军基地实习或者参加各种研究、飞行、领导课程。他们还可以学习其他军种的课程，比如美国陆军在佐治亚州本宁堡的伞兵学校、肯塔基州坎贝尔堡的空中突击学校。在学年中间，所有学员还将修习军事理论、作战、领导技能课程。
学术
空军军官学校是一所全美承认的四年制大学，具有一系列不同专业的学士学位授予权。大约75%的教职人员为空军军官，剩下的25%为文职教授、从地方院校派来的客座教授以及其他军种或者外军派来的指导人员。近些年来，高级文职教员的比例有所增加。因为核心要求一样，学校所有的毕业生，不论专业是什么，都将获得学士学位。教育长通常为一名现役准将，但是文职人员也可以担任此职务。每个系均由一名“终身教授”担任， 这与地方院校的终身教授的学术头衔相似。
学员可以选择修习不同的学科专业、交叉学科课程，包括工学、基础科学、社会科学和人类学。学术课程设置上有着广泛的核心课程，所有学员都将修学自然科学、工学、社会科学、人类学、军事学、体育的一些课程。学员大约60%的课业压力是核心课程带来的，他们前两年都在修学核心课程。在第三年和第四年，学员在学习方面将有一定的自主性，以侧重于他们的专业，但是核心课程的比例仍然相当可观。
以往学校的培养计划（如同其他军事院校一样）更加侧重理工科课程学习，这是基于毕业生将要使用复杂的航空、航天和通讯系统的考虑。结果，学校中工科课程的比例一向较高。随着时间推移，学校扩大了人文科学的比例并且很多学员都选择主修非技术学科（这一比例比其他军种院校明显地高很多）。这被一些人意识到与学校的原先学术重点显得不一直。前空军部长詹姆斯・罗奇对此非常关注并命令修改学科计划以减轻工科专业的课业负担。他希望鼓励更多的学员继续从事自然科学和工程研究。而有些人认为国防工业可提供工程专家、领导能力、管理、外交知识的学习要求至少要与以往对技术的重视程度要等同。因为罗奇后来退任，故而他的意见没有得到重视。
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