2016年1月28日,马英九前往南沙太平岛,在碑前发表谈话,阐述登岛目的,严正说明太平岛是岛屿,不是礁石,完全符合海洋法公约岛屿定义。他返台后在记者会上反驳美国指他登岛会把南海的紧张关系升高,他表示去太平岛是推动和平用途。图为马英九举起联合国海洋法案。
2016年2月9日,马英九在妈祖庙祈福。
2016年2月27日,台南地震追思会中,马英九与蔡英文握手。
2016年3月30日,马英九和台湾地区当选领导人进行礼节性会面,谈及两岸问题。
马英九卸任前夕,在社交网站秀出一段影片,回应过去5年来的网友留言,首度谈及“鹿茸”的糗事,他认错表示,鹿茸不是鹿耳朵里面的毛,还当场罚写。这是马英九在任上最后一次向民众的道别。毋庸置疑的是,不少台湾人正受益于两岸关系的改善。民进党已经在这两年来的所有选举中大获全胜,完全执政,但也很难改变两岸关系不断拉近的长期趋势。两岸关系改善是马英九最大的政绩。
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