来台后，经蒋经国提议，蒋介石同意在军中推行任期制，两年一个任期。两年后的1952年，孙立人继续担任“陆军总司令”。
孙立人将“陆军总部”与“台湾防卫司令部”合二为一，兼理台湾防卫事务。
1954年，因两蒋对孙立人的猜忌日益加深，孙不能再担任“陆军总司令”，被调任“参军长”。
最终，因台湾局势的变化特别是两蒋对其的猜疑达至顶点，也是为了巩固手中权力的需要，孙立人于1956年因对下属“郭廷亮匪谍案”负有失察之责，被逼辞去“参军长”职务，并于当年8月开始被限制行动自由。
孙立人未曾料到，自己戎马近30年却换来了这样的结果，更未料到的是，他这一被软禁就是33年。
也许是他的遭遇太不公道，被软禁前后，命运开始从另一方面补偿孙立人：天道人伦。
早在1919年，孙立人就由父辈安排，同在北京任职的合肥举人龚师彦的女儿龚夕涛结婚。时值“五四”新潮汹涌之时，男女青年向往自由恋爱结婚，孙立人胸中自然也充溢着美好的向往。但那一代人仍肩负着传统的负担，当传统裹挟着亲情而来，他们只能妥协。孙立人虽心中不甘，但也只能在婚后“逃”回学校，龚夕涛也一直未能生育。
十多年后，在宪警教导大队任职期间的1930年10月，孙立人还是冲破了父亲的阻拦，在上海和张晶英结了婚。
但孙立人和张晶英结合后，也一直没有子女。张晶英认为这是自己的原因，于是一直想着如何补偿对孙立人的“亏欠”。
孙立人初来台湾练兵时，陆军训练司令部在屏东中山路替他找了座西式洋房作为公馆，又找了位漂亮的乡下姑娘张梅英来替他料理家务。
张晶英1948年底来台后，一直住在台北南昌街的孙公馆，并一心沉迷佛法。为弥补孙立人的“遗憾”，她和张梅英结为姐妹，并由其做主把孙立人和张梅英撮合到了一起。
1952年，孙立人和张梅英结合。当年，孙立人的长女孙中平出生。
就在“郭廷亮匪谍案”发生后不久，孙立人长子孙安平出生。此后，张梅英又为孙立人生了一儿一女：次子孙天平，小女孙太平。四个儿女的名字寄托着孙立人“中国安定，天下太平”的美好愿望。
孙立人四位后人的具体情况是：
长女孙中平，1952生，美国康乃尔大学材料工程博士，现任职于台湾积体电路制造股份有限公司，职务为副总经理。
长子孙安平，1955生，台湾清华大学物理学硕士，美国南加州大学材料工程硕士。现任职于美国硅谷。
次子孙天平，1957生，美国维拉诺瓦大学电子计算机工程硕士，美国威廉玛丽学院工商管理硕士。现任职于台资企业汉民科技（上海）有限公司，职务为区域总监。
小女孙太平，1958生，美国杜克大学生物化学博士，美国麻省理工学院博士后研究。现任职于杜克大学，职务为教授。
自1956年至1988年，孙立人被台湾当局软禁33年，直至蒋经国去世才得以恢复自由。
这30多年里，原本征战沙场的“丛林之狐”被困在台中寓所。失去自由的孙立人，只得把他的全部精力，都寄托在教育子女和养花种树上。
孙立人从军后，其原配夫人龚夕涛在老家一边伺候公婆，一边帮助他们料理家务和田产。抗战爆发后，龚夕涛也参加了抗日运动，曾任合肥青龙场妇女抗日动员会理事长，动员妇女组织起来支援抗日。新中国成立后，龚夕涛同其兄龚意农生活在一起。中共安徽省委原书记曾希圣曾提出把龚夕涛安排到省文史馆担任馆员，被龚意农婉言谢绝。1981年2月，龚夕涛在合肥病逝。
得知龚夕涛去世的消息后，孙立人十分悲痛，他说：“我一生没有做过违心事，就是亏待了前妻龚夕涛。”他和张晶英、张梅英商议，将长子孙安平过继给龚夕涛，承祧为嗣子，又于农历七月十五中元节，在台北善导寺请法师连续三天为龚夕涛诵经念佛，超度亡灵，同时要孙安平祭拜龚夕涛。
恢复自由后的孙立人已达88岁高龄，身体开始衰弱。1990年11月19日，孙立人在台中的家中安详离去。
12月8日，孙立人公祭仪式在台中殡仪馆举行，祭拜者一万余人，场面极其隆重悲戚。蒋宋美龄敬献花圈，陶百川书写了“忠义昭著、公道伸张”八个大字，一群大学教授打出了“中国军魂”的挽幛。新一军旧部，第四军训班、幼年兵总队官兵及学员生，均行跪拜礼。
2010年，在以故居为基础修建的孙立人将军纪念馆揭幕式上，台湾地区领导人马英九一番“怀着感恩和歉疚”的谈话，被台湾舆论解读为孙立人在形式上正式平反。
2014年7月，台湾地区监察机构又通过公布“郭廷亮匪谍案”调查报告，间接为孙立人平反。
从名义上看，事隔半个多世纪之后，孙立人终于获得了清白。
孙天平告诉澎湃新闻，一次与父亲单独散步时，他曾问过父亲，“回过头来看，假如当初有机会，是否会真的取蒋介石而代之？”
“他沉思了很久，但一直没有回答。”孙天平说。
（本文除地图外其他图片和主要史料均来自安徽省政协文史研究室副主任陈劲松拟出版新书《孙立人画传》，特此致谢。）
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