陈佳洱告诉记者，如果在院士推荐制度中存在部门因素，有时可能会考虑部门利益，那么，这样的候选人可能不很符合真正的院士标准。“往往有可能部门希望显示自己的政绩，想多推荐一些，多上一些。”
“但是，真正到召开院士大会的时候，各个部门推荐的人都有，单个部门也很难左右。实际上好多部门推荐的人没上，还是院士推荐的人上得更多。”陈佳洱说。
陈佳洱透露，这次的院士增选会上，有人提出了一个问题：是不是以后部门不推荐，可以去掉部门因素呢？“今后，会经过讨论作出决定。”
王宇发现很多单位都喜欢包装院士。他认为，最理想的是通过同行专业推荐，虽然学会推荐是一种推荐的方式，但是具体怎么规范还需要再讨论。“真正知道你水平高不高的是学会。”不过，学会推荐也有问题。比如，学会有没有规范化、学会的收录是不是全面，有没有遗漏，等等。
不仅是王宇看到了学会推荐的优势。秦伯益也曾建议，可以采用科协提名的方式来遴选院士，因为从序列上看，学会都在科协之下。“院士候选人预选通过以后，可以请科协里面的同行来把把关。”
但他认为，同行评审会存在一些问题：有的同行是冤家，也有同行是亲家，同行评审容易出现评审意见不客观的情况。
在沈国舫看来，院士推荐的渠道最具合理性。但他担心，仅依靠院士推荐可能会埋没人才，尤其是地方上的人才很难被选出来。“最近新疆上了一位院士，如果他通过其他的途径推荐，可能很难上，现在还没到把别的推荐渠道关闭的时候”。
院士对遗漏人才的担心，同样体现在省市和部委的遴选渠道上。
王宇和何祚庥都不赞成取消单位遴选。何祚庥说，只有单位才知道他在工作中贡献多大，为什么要剥夺单位的发言权？“拿原来的铁道部来说，铁道部是个大部，他连推荐人选的资格也没有，这也太过分了吧。”
最没有异议也是最希望规范的，是院士推荐。
在实际运作中，院士提名推荐，可以分两种情况。一种是，院士看学界哪位同行符合标准，主动推荐。清华大学电机工程与应用电子技术系教授、中国科学院院士卢强曾经向记者表示，他曾经主动推荐过多名同行，“有的人选上了院士也不知道是我推荐的”。
另一种是，被推荐人找上门来，请院士推荐，可以称之为“被动推荐”。南京大学物理学院教授王牧是2013年的院士候选人，有院士告诉记者，在院士评选初期，院士们收到了王牧的推荐邀请。
何祚庥说，不论是哪种推荐，推荐人要做的都是审阅对方的申报材料，并填写《院士推荐书》，在推荐书上签名，要写上“本人了解被提名人的成就、贡献与学风道德等情况，对提名材料的真实性负完全责任”。
问题在于，即使其提名对象日后被发现此前存在某些问题，院士本人也无需负任何责任。
两院要求：“院士必须按照院士的标准和条件，独立推荐候选人，防止被动推荐；推荐人必须确实了解候选人的研究领域、学术水平和贡献、科学道德和学风等，并对《推荐书》所填内容负责。”但具体怎么负责，并没有行之有效的规定。
有学者认为，看似严谨的推荐制度存在漏洞。比如，每位申报人都是以平生成果进行申报，假使推荐者对申报人并不熟悉，仅靠审阅对方寄送的申报材料，几乎不可能从中了解被推荐人在一生科研活动中是否存在科学道德问题。“如果院士在这种情况下接受委托，担当推荐人，实质上等于被拉了票。”
官员参选院士问题
近年来，候选院士中官员比例一直很高。据媒体报道，2009年，中国工程院新增的48名院士，超过85%是现任官员，这使得官员院士候选人成为备受关注的群体。但怎么界定官员，也有争议。
梳理官员院士候选人的履历，不难发现这一群体的共同特征：行政级别在厅级以上，掌握一定科研资源，曾经执掌重大工程。而这些特征，在其参评院士时又变成一股助推的力量。
“个别官员参评院士，很难看出其技术成果是来自平台、资源，还是真正的在工程技术方面的成就与贡献。”中国工程院土木、水利与建筑工程学部院士、学部常委会主任雷志栋感到担忧。
有评论认为，用资源笼络院士，用权力换赞成票，已成为官员参评院士最大的弊端，成为院士制度改革无法绕开的话题。
但是，在中国青年报记者采访的两院院士中，受访者对官员参选院士的看法并不一致。
王宇认为：“你如果是官员，就不必当院士。”在他看来，参评院士首要条件是“科学家”，而目前，学术界的人巴不得去当官，当官的人又要戴一顶学术的帽子。
陈佳洱也说，院士们在选院士时不能看官员这个牌子，得看实实在在的科学贡献。“官员做得再好，在科学前沿如果没有卓越贡献，也不应该评选上”。
沈国舫则认为，不能笼统地说官员不能当院士，“最主要看他是不是专家，是不是有成就”。
何祚庥也赞成这种观点。他认为，评价官员参评院士，关键是看官员的学术成果、对工程的贡献以及成果到底是真是假。“有的官员对推动科技决策起了很大作用，实际工作中对调兵遣将发挥了巨大作用，对这类的决策贡献，大家都是评价很高的。”
何祚庥的判断，是基于目前官员在重大工程中扮演的角色。目前科技体制之下，官员对科技项目的决策作用是不言而喻的。
秦伯益说：“有些工程不是一个人就能做出来的，关键在于领导者。因为有些工程需要很多人合作，但总体的思路由主要领导决定，因此这些领导的贡献也很大。”
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