2008年6月30日，刚到任重庆的王立军在他人打量的眼光中，拜访了警察协会的老干部。这是他在重庆的第一站。他感谢诸位老干部肩负了历史，称自己将继承他们的道路。
此后三年，王立军却走了一条跟历届前任迥然不同的道路。
作为一个经基层历练、拾级而上的官僚，王展现出治警的铁腕作风。当年8月5日的夏季治安综治工作会上，他严厉批评了人浮于事的机关作风，称有人两脚搭在茶几上睡觉，有人用电脑玩扑克，有人跟他握手掏出来的是麻将。针对警界的痼疾，他提出要形成“能者上、平者让、庸者下、闹者惩”的用人机制。
随后的打黑除恶，也被王赋予考核干部的功能。在打黑中，王立军创造了两个“ABC”。除ABC类案件外，他还以“业务上一票否决，政治上一锤定音”的原则，划分出警界的精英层，谓之以“ABC类干部库”。A类人才，为专案组长、副组长。王还要求民警贯彻重庆传统的
“忠义文化”。
但在民警孙凌（化名）看来，打黑也是一场内部洗牌的开端，“通过打黑，王立军包装了自己，打掉了对手，把所有人凝聚在周围。”
文强归案2天后
，2009年8月9日，王立军在警方通报警示会上称，自己要求专案组给犯罪嫌疑人做两个笔录，首先让嫌疑人检举警察、党政干部，其次才是本人的犯罪笔录。
在打黑中，为最大限度地寻找权力运行空间，王立军创立了一套自由裁量哲学。他指向的对象，包括其下属，即对方是否会成为黑社会保护伞，取决于其是否“忠诚”。
2009年10月，在市局党委扩大会议上，王称，“文强被双规后，我们在冷静地观察一些人的动作，欲擒故纵，自由裁量。”
所谓的“自由裁量”，由此成为王立军选拔干部的标准。一个例证是，文强案中，检方指控文强先后6次收取某李姓警官近5万元，并将其升职。孙凌透露，王并未处理李，而是把李调到身边，任命其为某办主任。
孙称，王立军喜欢脚绑沙袋，沿市局15楼局长办公室两侧的小花园跑步，跑完后，50余岁的李匍匐在地上，替他解沙袋。
2011年7月23日，在针对市局高级警官的讲话中，王立军称：“如果不听招呼，3000块钱我也能逮捕他，如果能听话，二三十万咱们也能过去，还能提拔他。”
东北人
在重庆，王立军的东北客人不断，知名度最高的，为赵本山及徒弟小沈阳。在王立军的一百多项专利中，就包含“循环式传菜火锅宴会桌”，这个专利的改进，跟赵本山渊源颇深。
2011年10月20日，王立军宴请赵本山、大连实德董事长徐明等人，介绍重庆市局的“火锅厅”能像日本料理那样自动转，因赵本山夹菜时跟不上，他特意调慢了速度。
从东北来到重庆的，还有诸多重庆市局的高级警官，除原重庆市局副局长郭维国，还有原技侦总队长王鹏飞、原沙坪坝区分局常务副局长王智、原刑警总队长李阳、原经侦总队长李永宁等人。他们称王立军为“老师”。
2009年11月，原锦州市古塔分局政委王智调任重庆市局，并参与了091专案组，到渝三个月后，王智任禁毒总队队长，后任沙坪坝分局常务副局长、党委书记等职。
2009年12月，原大连海事大学科技处处长李阳调任重庆市局刑警总队政委。此前，时年44岁的李阳并无任何从警经历。2011年8月，李阳进入市局党委，兼任刑警总队党委书记、总队长一职。李妻陈燕也由辽宁调入重庆警界，由教师成为重庆市局出入境管理处副处长。
会见记录显示，李阳为王立军和多个学术机构之间的联络人，也是多个基金的操办者。重庆恒德集团总裁王秉文向王立军捐赠别墅，李阳为接洽人。李还是重庆警察出国留学基金的经手人。
经侦总队长李永宁，也是王立军颇为器重的门生。2011年7月，37岁的李永宁由黑龙江调至重庆，任经侦总队党委书记、总队长。到渝两月，李兼任市局要害部门警令部党委书记一职。
即便是尼尔
伍德案之后，仍有东北干部来到重庆。2011年12月3日，黑龙江绥化市公安局局长盛威将其下属、明水县公安局局长刘锐送至重庆。当天，王立军称黑龙江籍干部在重庆已成体系。
跟王立军一起来到重庆的，还有网络上盛传的其惨遭黑社会剥皮的妻女。王简历显示，其妻肖素丽为重庆市局交警总队政治处副主任，其女王迪原为重庆市局经开区分局民警，后调任商务部。
民警杨渝（化名）透露，在重庆，肖素丽不上班、不配车、没有办公室，王迪在重庆警界任职期间，时任经开区公安分局局长唐建华用自己的车接送其上下班。后唐在“打黑除恶”中被记一等功，升任重庆市公安局副局长。
除“东北人”之外，还有一些投奔王立军的外地干部，内部简称为“外地人”。重庆市局原纪委常务副书记一职，由江苏灌云人王兴亚担任。2011年11月，原安徽淮南市公安局局长龚英敏调任重庆，担任市局政治部主任。
牺牲品
通过打黑，王立军初步完成内部整肃。2010年3月，王立军宣布，在重庆警界推行机构改革，市局各直属单位、各分局处科职干部集体下课，全部重新洗牌。
在“机改”中，民警蒋万渊成为自王到渝后因言受罚第一人。蒋原在市局禁毒总队，“机改”后被调至南岸区交巡警支队。蒋在天涯重庆论坛跟帖，表示对王和机构改革的不满。由于没有恪守“一个声音、一个动作、一盘棋局、
一个目标”的原则，当年3月9日，重庆市局发出问责通报，蒋被开除，其所在支队的负责人也因连坐被撤职。
孙凌透露，因很多干警不愿留在市局，“机改”中很多职位达不到起码3人报名的要求。因此，王立军要求符合条件者必须报名，否则将以干扰和破坏“机改”予以问责。
2010年3月15日，王在市局干部大会上抱怨，称中层干部报名市局岗位人数非常低，经过发动，才突然变高。
在强大的监管力度下，王的“商鞅变法”得以推进。据内部统计，从“机改”始，短短2年，市局机关除国保和监管两个总队变动较少外，其余各单位的民警平均调换率均在70%以上，变动最大的是治安总队，这个近500人的队伍硕果仅存的只有5人，因这5人都是排爆民警，专业性太强。
在办案中，警方有诸如铁山坪的打黑基地，在治警中，王立军建成了对内整肃的“人才再培训中心”，内部人称“五七干校”。“机改”中，一批干部被淘汰至“五七干校”。在这里，他们的主要任务就是认识自己的错误，只领俸禄，不履职。
在“机改”启动一个月后，2010年4月17日，
曾任市局办公室科长、为王立军当过秘书的忻建威，因“涉黑”被091专案组带走。接近忻建威的人士莫少
（化名）透露，专案组要求忻交待跟局领导的权钱关系，并要其交待刘光磊、王华刚、王云生、杨增渝等局领导如何私下密谋排斥王立军。《南都周刊》获悉，在基地，忻建威被打致残，他把被自己打死的蚊虫收集起来，在墙上粘成了一个“冤”字。
2010年8月15日，忻被转移到石子山，四周高墙电网，岗哨林立，在一间不足十平方的房间，两名武警24小时看守，要求其每天写五千字以上的认罪材料。2011年3月21日，在关押了三百三十天后，由于病情加重，忻被放出。
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