王立军就任后不久，重庆掀起了“打黑”专项行动，其本人也迅速蜚声海内外，成为警界明星。在这场始自2009年6月的“打黑”行动中，重庆警方一共抓获3000余人，包括重庆市司法局原局长、公安局原副局长文强在内的数名高级干部受到惩处。2010年4月14日，文强被执行死刑，以此为标志性事件，重庆“打黑”基本结束。
这场行动为王立军带来诸多荣誉。2010年2月28日，王立军被重庆市委、市政府授予“重庆市人民卫士”荣誉称号。2010年6月，公安部充分肯定重庆市公安局在“打黑”除恶斗争中取得的辉煌成绩，并通报全国嘉奖。
2011年1月14日，王立军被补选为第十一届全国人大代表。当年3月6日，全国人大十一届三次会议期间，重庆团开放团组活动，王立军的发言成为代表审议环节的压轴节目。当时，身为一级警监的王立军身着便装，在重庆团组活动会场第二排就座。在不到十分钟的讲话中，王立军阐释了他对创新社会管理体制的见解，其迅捷的反应能力也给人留下深刻印象。
2010年底，时任重庆市副市长周慕冰交流到中国银监会任职。按照中央关于地方干部交流配备“出一进一”的要求，本应从市外交流一名领导干部到重庆任副市长。但中央考虑到重庆市政府班子的结构和加强社会管理的现实，同意从该市符合任职条件和有关政策规定的优秀干部中推荐产生。
2011年3月23至25日，中组部干部考察组在重庆对副市长人选进行民主推荐，王立军得票集中。重庆市委官方信息表示，“根据考察组反馈的意见，经市委研究并报中央同意，提名王立军为重庆市政府副市长人选。”5月27日，王立军获任重庆市副市长，并继续兼任重庆市公安局局长。
前后不过三年时间，王立军从副局级官员，一路快速高升至副部级，达到了个人辉煌的顶点。
争议李庄案
“打黑”为王立军带来辉煌的同时，对其质疑的声音也如影随形，尤其在重庆警方以涉嫌伪证罪抓捕北京律师李庄后达到顶峰。
不少法学界人士和社会精英批评重庆警方在王立军执掌之下，容不得辩护律师对办案质量发表不同见解;且重庆“打黑”有“黑打”之嫌，妨害中国脆弱的法治生态。
李庄案由重庆“打黑”衍生。2009年12月10日，重庆市公安局以李庄在代理重庆龚刚模涉黑案中涉嫌伪证犯罪为由，对其立案侦查。12月12日，李庄被重庆警方羁押，2010年2月9日终审，以“辩护人伪造证据、妨害作证罪”被判处有期徒刑一年。时至2011年4月，李庄出狱前夕，其又被再次以漏罪为由被起诉。但检察院最终撤诉，不了了之。
2011年6月11日李庄出狱，当年12月12日，他向法院提起诉讼，控告《中国青年报》在2009年发表文章的“重庆打黑惊爆‘律师造假门’”侵犯其名誉权。但该案未被法院受理，不了了之。
当公众以为李庄案已尘埃落定的时候，2012年初波澜再起。2月7日上午，李庄过去的助手马晓军及马的妻子韩会娟，分别在重庆状告警方涉嫌非法限制其人身自由。除就人身自由受限提出赔偿要求，马晓军还要求重庆警方赔偿20万元经济损失，理由是警方行为导致其至今无法从事律师工作。
马晓军曾跟随李庄到重庆参与“打黑”案的辩护，时任李庄的律师助理。李庄被重庆警方拘捕后，马晓军就一直没有公开露面。但在李庄案的各种法律活动中，他一直具有双重身份——首先是李庄案的同案嫌疑人，李庄和马晓军共计三次前往看守所会见龚刚模，重庆警方认为，马晓军也参与了教唆翻供的活动;此外，马晓军又是李庄案中控辩双方争取的证人。李庄案开庭前，李庄的辩护律师曾向法院申请马出庭作证，但法庭回复说，马本人不愿意。
马晓军在2012年2月7日提交法院的起诉状中则称，从2010年1月9日到2月11日，他因李庄案被监视居住，地点设在重庆市江北区一栋住宅内。他签订了租房合同，出具了不愿意出庭作证的声明，并书面请求重庆警方保护，而这一切都是在警方强迫下完成的。一个细节是：马晓军说他在警方强迫下外出逛街、吃饭、看电影，而整个过程中，警员同时以摄像形式表明他当时是“自由”的。
马晓军妻子韩会娟的起诉状中，她称，她也被警方强迫写下书面声明，即自愿陪同马晓军接受监视居住。
马晓军夫妇起诉前一周，王立军刚于2月2日被重庆官方宣布卸任重庆市公安局局长职务，不再分管警方事务。
双面王立军
有接近王立军的人士称，王立军作风“严厉”甚至“霸道”，比如王经常半夜给各派出所值班室打电话，如果没人接，第二天那个所长就会被叫去“收拾”。从他任职到现在，不少警察被停职、反省，甚至刑拘。“他做事雷厉风行，而且态度强硬，是一个不按规矩出牌的人。”一位重庆警方人士称。
王立军治下也以铁腕著称。2010年3月，新一轮重庆公安系统机构改革展开。内部文件要求，重庆市公安局所有处室、各个分局、交巡警支队以及所辖区县各分局派出所，从副科到副局级的所有领导干部全部“就地免职，重新竞聘上岗”。所涉范围之广、力度之大，开全国先河。
经王立军力主，重庆成立“交巡警合一”队伍。根据其设想，“交巡警合一”模式实现后，市民遇到突发状况，可直接到这些平台报警。这些平台就设立在街面上，每个平台配置巡逻车和摩托车数辆。平台含有笔记本电脑、指纹采集系统、防弹头盔防弹衣数套，另有测速仪、酒精测试仪等装备。生活设施方面，平台包括饮水机、冰箱、微波炉、办公桌以及空调，方便交巡警24小时执勤。加拿大华人网 http://www.sinoca.com/
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